COVID-19 : quel lien entre les chauves-souris et cette crise sanitaire ?

COVID-19 : quel lien entre les chauves-souris et cette crise sanitaire ?

Cet article a été rédigé en s’appuyant sur plusieurs sources scientifiques très récentes afin d’apporter des réponses à certains questionnements concernant les chauves-souris, en l’état des connaissances actuelles qui sont susceptibles d’évoluer rapidement au cours des jours, des semaines et des mois à venir.

Les chauves-souris sont-elles les seules à héberger des virus et particulièrement les coronavirus ?

Les chauves-souris infectées par le virus montrent-elles, elles aussi, des signes cliniques de maladie ?

Est-ce une espèce de chauve-souris qui a transmis le COVID-19 à l’Homme ?

Comment le virus a-t-il pu passer d’une chauve-souris au pangolin puis à l’Homme ?

Faut-il se débarrasser de toutes les chauves-souris pour lutter contre les coronavirus ?

Quels rôles jouent les chiroptères dans le monde ?

Si ce ne sont pas les chauves-souris qui sont responsables de la pandémie, alors qui ?

Que faudrait-il faire pour limiter les risques de nouvelles pandémies ?

Les chauves-souris sont-elles les seules à héberger des virus et particulièrement les coronavirus ?

Tous les animaux y compris l’Homme hébergent une multitude de virus, bien souvent asymptomatiques car les organismes se sont adaptés pour y survivre.

Les coronavirus sont une famille regroupant de nombreux virus très répandus qui touchent plusieurs espèces animales (chiens, chats, porcs, ruminants, dromadaires, oiseaux, faune sauvage). Certains peuvent également atteindre l’Homme, ou lui être spécifiques. La présence de différents coronavirus a été évaluée chez près de 20 000 animaux et humains dans le monde !

Ces types de virus ont été responsables au cours des dernières années de l’épidémie de SRAS, MERS et depuis décembre 2019, un nouveau coronavirus a été identifié, le SARS-CoV2, responsable d’une maladie respiratoire, nommée COVID-19. Ces 3 virus ont tous pour ancêtre des virus isolés chez différentes espèces de chauves-souris et franchiraient vraisemblablement la barrière inter-espèces en passant d’abord par un mammifère (la Civette dans le cas du SRAS, les camélidés pour le MERS, et sous réserve de confirmation, le Pangolin pour le COVID-19) avant d’arriver à l’Homme.

Les chauves-souris sont des réservoirs pour de nombreux virus: à ce jour, 31 % des virus qu’elles hébergent sont des coronavirus et plus de 200 coronavirus différents ont été identifiés chez elles.

Les chauves-souris infectées par le virus montrent-elles, elles aussi, des signes cliniques de maladie ?

Beaucoup de chercheurs pensent que les chauves-souris sont insensibles à ces virus, mais cette hypothèse n’a jamais été véritablement testée. Même si elles luttent efficacement contre la prolifération virale, il est fort probable que les populations de chiroptères soient touchées chaque année par une forte mortalité causée par ces virus. Cela a par exemple été montré dans des colonies de chauves-souris africaines identifiées comme le réservoir du virus Marburg.

Est-ce une espèce de chauve-souris qui a transmis le COVID-19 à l’Homme ?

Le séquençage du génome du virus SARS-CoV2 montre que celui-ci est identique à 96,2 % de celle du coronavirus RaTG13 présent chez certaines chauves-souris, notamment une espèce de rhinolophe asiatique Rhinolophus affinis. Les analyses suggèrent que RaTG13 et SARS-CoV2 partageaient un ancêtre commun il y a 25 à 65 ans. Il aura ainsi fallu quelques décennies pour que les virus RaTG13 et SARS-CoV2 divergent à partir de cet ancêtre commun.

Pour infecter une cellule, les virus SARS-CoV doivent actionner une « serrure » (récepteurs de l’enzyme de conversion ACE2) sur la membrane externe de cette cellule. Ils disposent pour cela d’une « clé », la protéine Spike (qui forme les protubérances, les spicules  observées sur toutes les images de coronavirus).  Or les serrures d’Homme et de Rhinolophe sont différentes, de même que les clés de leurs virus. La clé Rhinolophe ne semble donc pas fonctionner dans la serrure humaine et, réciproquement. Pour ces deux raisons, la transmission directe du virus entre la chauve-souris et l’Homme semble donc peu probable.

Il est plus vraisemblable que la transmission du virus se serait faite via un hôte intermédiaire. Les chercheurs ont testé plus de 1000 échantillons provenant d’animaux sauvages. Les récepteurs (serrures) des cellules d’Homme et de Pangolin se ressemblent et peuvent être actionnées par les même clés, celle du virus du CoVid-19 et celle très ressemblante du dernier SARS-CoV décrit en février chez le Pangolin. Le virus SARS-CoV-2 est donc issu d’une recombinaison entre deux virus différents : l’un proche de celui de la chauve-souris et l’autre du Pangolin. Pour qu’une recombinaison se produise, les deux virus divergents doivent avoir infecté le même organisme de façon concomitante. Deux questions restent en suspens : dans quel organisme a eu lieu cette recombinaison (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce) ? Et surtout dans quelles conditions a eu lieu cette recombinaison ?

Comment le virus a-t-il pu passer d’une chauve-souris au pangolin puis à l’Homme ?

Dans la nature, la chauve-souris, le Pangolin et l’Homme n’exploitent pas les mêmes niches écologiques. Les espèces de chauves-souris vivant dans les grottes, sont très proches les unes des autres et peuvent ainsi aisément se transmettre des virus. En Chine, des centaines, voire des milliers, de chauves-souris de différentes espèces cohabitent. Cette promiscuité et leur activité pourraient favoriser la transmission du virus entre espèces de chauves-souris. Une telle concentration d’animaux attire parfois les braconniers pour la consommation de la viande de chauves-souris et leur vente sur les marchés. Le Pangolin est un animal solitaire, il y a peu de chances pour qu’un virus émergent chez cet animal puisse être ainsi transmis naturellement. Le pangolin est l’une des espèces les plus braconnées dans le monde pour sa consommation de viande et l’utilisation de ses écailles dans la médecine traditionnelle asiatique.

Deux principales hypothèses concernant la transmission du virus sont évoquées.

  • L’hypothèse de la transmission en milieu anthropisé

Les deux tiers des premiers patients atteints du Covid-19 étaient passés par le marché de Huanan (Wuhan, Hubei), dont une partie était consacrée à la faune sauvage.

La promiscuité d’animaux sauvages dans les marchés facilite l’apparition et la transmission rapide du virus muté entre la chauve-souris, l’hôte intermédiaire et l’homme.

Concernant le cas du SARS-CoV, il a été montré que ce sont des civettes masquées détenues en cages dans un restaurant qui ont contaminé l’homme. Toutes ces civettes présentes ont été testées positives au virus, alors qu’aucun virus n’a été détecté chez plus de 1 000 civettes échantillonnées dans 25 fermes d’élevage de 12 provinces chinoises. Cela suggère donc que les civettes testées positives dans le restaurant ont été contaminées lors de leur détention en cage en raison de leur promiscuité avec d’autres animaux sauvages.

  • L’hypothèse de la transmission en milieu naturel

Les chauves-souris blessées ou mortes tombent naturellement au sol dans les grottes et susceptibles d’être consommées par des charognards qui pourraient alors contracter le virus comme les civettes, le chien viverrin (tous deux trouvés positifs au SARS-CoV par le passé), les blaireaux et blaireaux-furets. Les pangolins consomment quasi exclusivement des fourmis et termites mais peuvent également entrer en contact avec des chauves-souris, puisque de nombreuses espèces de fourmis se nourrissent de charognes. Il peut ainsi arriver que des pangolins lèchent des cadavres de chauves-souris recouvertes de fourmis, et soient ainsi contaminés.

Faut-il se débarrasser de toutes les chauves-souris pour lutter contre les coronavirus ?

Alors qu’en Chine, les chauves-souris sont traditionnellement des symboles de chance et de bonheur, la propagation du virus Covid-19 chez l’Homme entraine des réactions extrêmes afin d’éliminer les chauves-souris à proximité des habitations. Ainsi les chauves-souris hibernant dans ou près des maisons sont expulsées de façon volontaires, capturées et relâchées dans des milieux qui ne sont pas leurs habitats d’origine, risquant d’entrainer une mortalité élevée des individus et une propagation d’autres virus. Des abattages de masse sont également suggérés afin de protéger la santé publique. Les espèces ciblées ici sont celles vivant dans les villes et ne sont pas celles responsables du virus qui sévit actuellement.

Une première leçon de ce constat sur les origines probables du virus est qu’il ne servirait à rien d’éradiquer les chauves-souris, ni les pangolins. Les virus de cette famille courent à travers toute la biodiversité des mammifères, laquelle comporte de nombreux porteurs sains. Comme les animaux sont largement impliqués dans l’émergence de nouvelles épidémies, on pourrait être tenté de penser que la biodiversité représente un danger potentiel puisqu’elle héberge de nombreux pathogènes. En réalité, c’est tout le contraire car une grande diversité d’espèces-hôtes potentielles ou effectives limite la transmission des virus par un effet de dilution. De plus, la diversité génétique propre à chaque espèce contribue à faire émerger des résistances de l’hôte à son pathogène, et donc limite aussi sa transmission.

Quels rôles jouent les chiroptères dans le monde ? 

Avec plus de 1300 espèces recensées dans le monde, les chiroptères jouent de nombreux rôles écologiques pour la nature. Les espèces insectivores sont des pesticides biologiques et économiques tandis que les espèces nectarivores et frugivores contribuent à la pollinisation et à la dispersion des graines de nombreux végétaux. Dotées de capacités exceptionnelles, ce sont également d’excellents sujets d’études sur le vieillissement en bonne santé, la prévention du cancer, la défense contre les maladies, le biomimétisme, le fonctionnement des écosystèmes et l’évolution adaptative.

Si ce ne sont pas les chauves-souris qui sont responsables de la pandémie, alors qui ?

C’est bien le déclin de la biodiversité qui en réduisant les populations d’hôtes et, ce faisant, la probabilité d’apparition des résistances, qui augmente les risques de transmission des pathogènes et l’émergence des maladies associées. Le coronavirus est le résultat de nos modes de vies. En se développant, l’Homme empiète de plus en plus sur des territoires autrefois réservés à la vie sauvage.

Depuis le 20e siècle les zoonoses (maladies infectieuses se transmettant d’un animal vers l’humain) sont de plus en plus nombreuses avec un pic dans les années 80 correspondant à la découverte de nouveaux agents infectieux, par exemple le VIH, virus responsable du SIDA transmis par un singe et plus récemment, la grippe aviaire ou EBOLA. Les zoonoses ont toujours existé depuis la domestication animale. La vache par exemple à transmis la variole, la rougeole et les oreillons.

Aujourd’hui les maladies proviennent d’animaux sauvages, les chauves-souris notamment. L’Homme va de plus en plus au contact avec des espèces sauvages particulièrement dans les tropiques ou la biodiversité est la plus riche. L’Homme empiète de plus en plus sur la forêt divisant la superficie forestière des tropiques par habitant par 2 en à peine 25 ans.

En réduisant la taille des habitats des animaux sauvages, on augmente les risques de maladie. En effet, la densité des populations animales augmente y compris l’Homme, facilitant les transmissions de pathogènes. De plus, certains animaux s’adaptent à la présence de l’Homme et tirent profit de la situation, ce sont des espèces dites généralistes (rats, moustiques, etc.), qui ont donc plus de chance d’attraper des pathogènes et des virus. Au fil du temps ces espèces développent des résistances pour vivre avec ces pathogènes, et donc les transmettre.

La déforestation en Malaisie à la fin des années 90 est un exemple parlant. Une partie de la forêt est remplacée par des élevages de cochons. Des chauves-souris frugivores sont naturellement présentes dans ces forêts et sont porteuse d’un virus NIPAH. Les cochons sont également amenés à consommer des restes de fruits contaminés par la salive ou les excréments des chauves-souris. Les porcs contaminés infectent à leur tour les éleveurs. Ce sont les choix humains de développement économiques qui ont favorisé ces contaminations.

Au-delà de la transmission, se pose la question de la propagation. Le trafic aérien a été multiplié par 7 en 40 ans, la population mondiale est passée de 4 à 7 milliards, 1 personne sur 8 vit dans un bidonville où l’hygiène est extrêmement précaire. Les maladies peuvent se propager plus loin, plus vite et à beaucoup plus de monde. L’émergence de maladies est en grande partie le résultat de changements anthropiques et démographiques. Il existe plus de 320 000 virus chez les mammifères, leur contact exposera l’Homme à de nouvelles pandémies.

Que faudrait-il faire pour limiter les risques de nouvelles pandémies ?

Il est impératif de faire de la pédagogie dans les zones à risques pour sensibiliser à ces questions mais il faut également que nous changions nos comportements (sobriété dans les achats et les déplacements) à l’échelle mondiale, car chaque homme est concerné, et repenser  nos méthodes de production, notamment en matière d’agriculture, en privilégiant des échanges locaux.

Pour aller plus loin : Questions-réponses sur le coronavirus responsable de la maladie covid-19 et autres aspects sanitaires de la SFEPM

Sources :

BANERJEE A. et Al., 2019, Bats and Coronaviruses, Viruses
SFEPM, 2020, A propos du nouveau coronavirus, Communiqué de presse
ZHAO H., COVID-19 drives new threat to bats in China, Sciencemag
ANSES, 2020, Les coronavirus, https://www.anses.fr/fr/content/les-coronavirus
WARYN A-C., 2020, Epidémies : le rôle de l’environnement, https://www.arte.tv/fr/videos/096140-000-A/epidemies-le-role-de-l-environnement/
CARTER A. & VENOUX C., 2020, Le nouveau coronavirus : SARS-CAV-2, IFE, http://acces.ens-lyon.fr/acces/thematiques/immunite-et-vaccination/thematiques/virus-et-immunite/dossier-coronavirus/le-nouveau-coronavirus-sars-cov-2
IFREMER, 2020, La pandémie de Covid-19 est étroitement liée à la question de l’environnement, https://wwz.ifremer.fr/Actualites-et-Agenda/Toutes-les-actualites/La-pandemie-de-Covid-19-est-etroitement-liee-a-la-question-de-l-environnement2
BETTINELLI M., 2020, COVID-19, Le Monde, https://www.youtube.com/watch?v=O0NUFPT7rag&feature=share&fbclid=IwAR1Ow42_cjML0hAw7K9cC07GAg1F9f5GY3audm9Qix536a4k5Bi0CvvKudE

Grand rhinolophe © Axelle Le Bras